1. septembril 2011 alustas õppetööd Toomkooli 1. klass – poisteklassi ja tüdrukute klassiga, kokku 26 õpilasega. Poisteklassi õpetajaks on Kaie Kadaksoo ja tüdrukute klassi õpetab Egle Viilma. Tunnid algavad igal koolipäeval kell 8.15. Sel aastal algab koolitöö Püha Miikaeli Kooli alluvuses ja tihedas koostöös Vanalinna Hariduskolleegiumiga. Iseseisva Tallinna Toomkooli taasavamise järel jätkub kristlikele väärtustele rajanev õppe- ja kasvatustöö juba kiriklikus toomkoolis. Kooli taasasutajateks ja omanikeks saavad EELK Konsistoorium ja EELK Tallinna Piiskoplik Toomkogudus. Praegused klassiruumid asuvad Raekoja platsi vahetus läheduse auväärse Rae apteegi kõrvalmajas Apteegi tn 3.
Keskajal asutati toomkoolid ehk katedraalikoolid toomkirikute juurde samaaegselt toomkapiitlitega. Katoliku ajal anti toomkoolides algharidust linnakodanike lastele, samuti tulevastele vaimulikele ning teistele kiriklikele ja ilmalikele ametikandjatele. Tallinnas on teada toomkapiitli ja seega toomkooli olemasolust 1266. aastast, kuigi esimesed kirjalikud allikad Tallinna Toomkoolist on aastast 1319. Reformatsiooni järel sai Tallinna Toomkoolist algeadmisi andev luterlik linnakool, kus õppisid Toompeal elavate sakslaste, rootslaste, soomlaste aga ka eesti käsitööliste lapsed. Tol ajal pidasid toomkooli üleval toomkogudus, Eestimaa Rüütelkond ja riik. Tallinna Toomkool tegutses lühikeste pausidega seitse sajandit kuni II maailmasõjani, mil Eestimaa vanima ja väärikaima kooli tegevus lõpetati.